山中伸弥的 iPS 细胞研究并不存在问题，不过是一些专门找寻杰出研究者论文中漏洞的狂热匿名博客用户在山中伸弥发布的一篇旧论文中找到了错误。
在今天召开的新闻发布会上，山中伸弥说在 2000 年发布的一篇论文中包含一张有可能错误的图片。据《华尔街日报》(WSJ)报道，网络上的一些匿名帖子首先对这一图片提出了一些疑问，应山中伸弥的要求京都大学对这篇论文展开了调查。京都大学最终确认论文的结论没有任何问题，但山中伸弥说他没有验证这一图片所需的记录，因为实验是由他的合作者们完成。他说他将把这件事当做一个教训，记录并保存严格的记录，确保在任何时候都能提供这些记录非常的重要。
从日本NHK电视台的视频上看山中伸弥明显强忍着眼泪，他在新闻发布会上表示：“最近的一些状况使得人们对于日本研究诚信度的信心发生了动摇，此时必须要做出这样的声明。我发自内心地向大家道歉。”然后他站起身来，鞠躬道歉。
山中伸弥所指的是近期日本的干细胞科学家们为今年早些时候发表的两篇高调《自然》(Nature)论文所做出的一连串公开道歉。这两篇论文宣称找到了一种替代方法，可将成体细胞重编程为称作为“刺激触发多能性获得细胞”( stimulus-triggered acquisition of pluripotency ，STAP)的胚胎样细胞。
其他的实验室一直无法复制出这项工作。相关事件调查委员会发现了主要作者小保方晴子(Haruko Obokata)学术不端的证据。小保方晴子的工作机构——日本理化研究所的负责人、几名论文的共同作者，以及小保方晴子自身都为他们所造成的错误及混乱做出了公开道歉。
上周故事出现了新的转折，调查委员会主席石井俊辅(Shunsuke Ishii)合著的一些研究论文也被发现存在一些问题，当相关证据浮出水面后，石井俊辅宣布辞职，他同样做出了公开道歉。
山中伸弥没有参与 STAP 细胞研究。其他的科学家们很快重复出了他的重编程方法，现在已被全世界广泛应用。
